你的 vault 就是一堆純 markdown 檔。沒有資料庫、沒有專有格式、沒有鎖定。

• 00_Inbox/擷取後還沒做成卡的書目暫存。卡片產出後會被刪掉，所以它是選填欄位唯一的備份來源
• 10_Sources/原始 PDF 與轉檔全文。這是查證的權威依據，永遠不要手動編輯
• 20_Cards/研究卡，核心產物。你唯一該動手改的是「我的評註」那一欄
• 30_Concepts/原子概念筆記。它們是 graph 上的樞紐，多篇論文靠它們聚成主題
• 40_Synthesis/跨卡綜整。同一天同一主題重跑會自動遞增版本，不覆蓋

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citekey: otsuka2024chatgpt
title: "100 天挑戰"
year: 2024
status: read
reviewed: true
sourceStatus: full
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## 結果
<!-- pb:findings -->
- 完成 100 個 App〔p.5 src〕

## 限制
<!-- pb:limitations -->
- 未報告對照組〔n/a〕
- 作者可能有選擇性回報〔inf〕

標題下一行的 pb 錨點是語言中性的，驗證程式靠它認段落，所以卡片換語言也驗得動。Obsidian 閱讀模式不會顯示它。

• sourceStatusfull 或 partial。缺了，日後無從得知這張卡的出處鏈是不是來自不完整的來源
• doi缺了，綜整時這篇論文真實的 DOI 會被判成虛構，參考清單永遠生不出來
• venue缺了，書目與參考清單就少一塊
• 它們從哪來由擷取階段寫進 inbox 暫存，再由閱讀階段帶到卡上
• 為什麼要盯暫存檔在卡片產出後會被刪掉，那是這三欄唯一的備份，刪掉就永久遺失

兩版的 src/ 驗證層與 vault 初始化腳本逐檔相同，研究卡 schema、引用驗證與人工複核規則也沒有變。選哪一版，只取決於你平常用哪個 AI 編碼環境。

• Node.js 20 以上終端機打 node --version。PaperBrain 零依賴，但需要 Node 跑驗證程式
• 一個能跑指令的 AIClaude Code，或是能存取本機檔案與執行終端機指令的 Codex。七份 skill 是寫給 AI 看的規範，沒有執行者就跑不起來
• 一個放筆記的資料夾有沒有 Obsidian 都可以，等一下第 04 段說明差別
• 一篇你真的想讀的論文不要用範例論文練習，用真的，效果差很多

• paperbrain-v1.2.0.zipClaude 版。解開後頂層是 paperbrain/，共 52 個檔案。內含七支 skill、14 支驗證器、15 支測試，以及 docs/manual/ 的完整教學手冊 v2.1
• paperbrain-for-codex-
  v1.2.0_v2.zipCodex 版。解開後頂層是 paperbrain-codex/。多了 install-codex.mjs 安裝器、每支 skill 的 agents/openai.yaml，以及 Codex 專用手冊 v2.4。原版手冊移到 docs/legacy/
• 共同的部分src/ 底下 14 支驗證器與 bin/paperbrain-init.mjs 兩版逐檔相同。六階段出貨狀態表一致，功能沒有落差
• 授權兩版皆 Apache License 2.0。選配的 PyMuPDF 是 AGPL-3.0，屬使用者自行安裝的外部工具，不隨本專案散布

--mode 可選 obsidian（用 wikilink 與圖譜）或 plain（純資料夾，靠 _index.md 導覽）。--language 接受任何 BCP-47 代碼，zh-TW 與 en 是一級支援。

# 1. 放到長期位置（示範用 ~/Tools/paperbrain，你可以換）
mkdir -p ~/Tools && mv ./paperbrain ~/Tools/paperbrain

# 2. 建立 vault。--root 一定要寫，省略的話會建在當前目錄
node ~/Tools/paperbrain/bin/paperbrain-init.mjs \
  --root ~/PaperBrain \
  --mode obsidian \
  --language zh-TW

# 3. 安裝 skills，然後重開 Claude Code
cp -r ~/Tools/paperbrain/skills/* ~/.claude/skills/

init 是冪等的，重跑不會蓋掉你改過的設定。第三行之前先 ls 一眼 ~/.claude/skills/，因為 cp -r 不會問你就覆蓋同名資料夾。

# 手動安裝（macOS／Linux）
node --version
cd ~/Tools/paperbrain-codex
node bin/install-codex.mjs
node bin/paperbrain-init.mjs --root "$HOME/PaperBrain" --mode obsidian --language zh-TW

# 啟動與驗收
cd ~/PaperBrain && codex
# 在 Codex 裡：
/skills
$paperbrain-health 檢查目前的論文庫

不使用 Obsidian 時改用 --mode plain。Windows 可用 Node.js 執行相同的兩個腳本，改用實際的絕對路徑（文件未給 Windows 的實際指令字串）。新庫應回報沒有研究卡，那是正確結果。

技能位置與呼叫方式依據 OpenAI 官方 Codex skills 說明，套件內註明查核日期為 2026-09-11。同一份技能只安裝在一處，不要兩個目錄各放一份。

• 工具鏈留在下載資料夾遲早被你自己清掉，設定檔的絕對路徑跟著失效
• init 忘了帶 --root預設值是當前目錄，會把整套骨架建在工具鏈裡面。那些空資料夾直接刪掉即可
• vault 建在 Obsidian 主庫裡面不會壞，但全文轉檔會洗掉你原有的搜尋結果。建議獨立一個
• 複製 skills 蓋掉同名資料夾Claude 版的 cp -r 不會問你。裝之前先 ls 一眼 ~/.claude/skills/。Codex 版的安裝器會幫你擋
• 裝完沒重開skill 不會被載入，會誤以為安裝失敗。Claude Code 與 Codex 都要重開一次

兩版都可以再加一道開發者級驗證：在工具鏈目錄跑 npm test。init 應建出 paperbrain.config.md、_schema.md，以及 00_Inbox、10_Sources、20_Cards、30_Concepts、40_Synthesis 五個資料夾。

• Claude 版沒有 CHANGELOG「1.2.0 相對前版新增什麼」文件未說明。只有 Codex 版有逐條變更紀錄
• skills 目錄不存在時cp -r 到一個還不存在的 ~/.claude/skills/ 會怎樣，文件未說明。從沒裝過 skill 的人建議先 mkdir -p
• 路徑大小寫前後不一INSTALL 與 README 寫 ~/Tools/paperbrain，user-guide 寫 ~/tools/paperbrain。macOS 不分大小寫不會炸，但抄講義會前後不一
• README 有失效連結兩版 README 都連到不存在的 docs/superpowers/plans/
• Codex 版自承驗證不完整CHANGELOG 原文：未在全新 Codex 對話中執行完整 PDF 產卡流程。它驗過的是自動測試、隔離安裝與衝突保護、ZIP 完整性
• 掃描版 PDF 沒有 OCRCodex 版 INSTALL 有講「本套件不附 OCR」，Claude 版的文件沒提到

• 新連結格式：最短路徑設成絕對路徑的話，Obsidian 插入的連結會多出資料夾前綴，跟卡片裡的寫法不一致
• 保持使用 Wikilink關掉之後會改用另一種連結語法，跟卡片既有的寫法混在一起就亂了
• 自動更新內部連結可以開，但要知道它的邊界：改檔名時 frontmatter 的 citekey 不會跟著改
• 鐵則：不要手動改卡片檔名檔名就是 citekey，那是這張卡的身分證。兩邊一分家就會回報命名不一致

• 新筆記的預設位置指到 vault 根目錄或你的草稿夾，不要指到 20_Cards。隨手建的筆記落進去會被當成壞掉的卡
• 附件的預設位置預設是「與目前檔案相同的資料夾」，代表你讀卡片時貼一張圖，圖就掉進 20_Cards
• 排除的檔案：加入 10_Sources讓全文轉檔在搜尋結果降權，也不出現在 graph。子資料夾佈局的人這條是必做
• 別動 _schema.md那是隨產品出貨的格式合約，隨時可以查「這個欄位到底該填什麼」

path:20_Cards "〔inf〕"
    → 這個 vault 裡所有 AI 推論條目，定期掃一次

path:20_Cards "sourceStatus: partial"
    → 出處鏈有缺口的卡，引用前要特別小心

path:20_Cards "reviewed: false"
    → 還沒經你複核的卡，理想狀態是永遠回傳空的

path:30_Concepts
    → 所有概念，用來抓語意重複但字面不同的那幾個

graph 調兩個地方就好看：依資料夾分組上色（卡片一色、概念一色），並在篩選器關掉附件。日常研究看局部圖表比全域 graph 好用。

• 不要手動改卡片檔名檔名就是 citekey
• 不要裝會自動改寫 markdown 的外掛至少要排除卡片與來源資料夾
• 不要編輯 10_Sources 的全文檔那是查證的依據，改了就不再是原始證據
• 不要改 _schema.md那是隨產品出貨的格式合約
• 可以放心改的只有三處卡片的評註段落、概念定義、綜整草稿

• 看事實區的出處標記關鍵結論如果標的是 inf，那是 AI 推論不是論文說的，要回原文確認
• 看有沒有你不同意的詮釋AI 讀出來的「結果」有時會過度簡化。你比它懂你的領域
• 看評註欄是不是空的那一欄留給你，是整張卡唯一真正屬於你的東西
• 抽驗兩條頁碼翻開原始 PDF 對兩句。驗證程式驗得了格式，驗不了頁碼真偽
• 三種回應確認、要它修正，或明講「先存草稿不用複核」

掃描版 PDF 可能需要另外 OCR，本套件不附 OCR。轉檔引擎三級擇一：PyMuPDF 系列、pdftotext、markitdown。要包進對外販售的產品請避開 AGPL 的 PyMuPDF。

• 文獻矩陣每一列是一張卡，每一欄是一個面向：研究問題、方法、結果、限制。一眼看出這批論文在同一個問題上各自說了什麼
• 缺口矩陣上的空格就是缺口：哪些面向大家都沒做，那可能就是你的題目
• 矛盾哪兩篇的結果互相打架，會被標出來，而不是被平均掉
• 關鍵設計矩陣由程式直接讀卡片產生，模型不經手，所以每一格都真的來自某張卡
• 指令怎麼下說「綜整這個主題：大型語言模型的幻覺量測」，產出會寫進 40_Synthesis/

• CARD_NO_SOURCE卡片找不到對應的來源檔。補跑擷取，或確認來源是不是被搬走了
• DEAD_LINK連結指向不存在的卡片或概念。修正連結，或補建那張卡
• CITEKEY_FILENAME_MISMATCH檔名與 citekey 不一致。多半是有人在 Obsidian 裡改了檔名
• STALE_INBOX暫存滯留超過七天。讀掉它，或承認不會讀然後刪掉
• UNREVIEWED_CARD卡片還沒經你複核。打開逐條看過，這正是它存在的意義

• Apache License 2.0拿到的人可自由使用、修改與再散布，包含商業用途，保留授權與著作權聲明即可
• 卡片與概念的組織方式取法 Zettelkasten（Niklas Luhmann）：原子筆記加雙向連結
• 「第二大腦」一詞沿用 Tiago Forte 在 Building a Second Brain 的說法
• PaperBrain 自己的貢獻把學術誠信做成機械可驗證的一層
• 一句話方法論可以借，可信度必須自己扛

• Claude 版手冊 v2.1在 docs/manual/，含 PDF、Word 與 Markdown 三種格式
• Codex 版手冊 v2.4在 docs/for-codex/manual/，重寫過安裝章與技能呼叫。這份是 Codex 版的編輯來源，legacy 目錄裡的原版只供歷史參考
• 安裝逐步驟手冊第 4 章，含可直接貼給 AI 的安裝提示詞。精簡版看套件根目錄的 INSTALL.md
• Obsidian 完整一章手冊第 5 章：佈局、六個必改設定、外掛、graph、搜尋、同步備份
• 健檢代碼全表第 11 章與附錄 D：15 個健檢代碼各自怎麼修。附錄 E 是卡片、引用、來源、載入四組驗證碼的意思
• 帶人一起跑附錄 G：九十分鐘工作坊帶跑路線，給講者與助教